对于戈雅的耳聋是由何种疾病造成的，学界一直以来都没有定论，他的疾病也是两百多年来医学界孜孜不倦探讨的一个课题。在深入研究的过程中，大家纷纷大胆假设他患有多种疾病的可能性。对戈雅疾病的推测大致分成四个类别：第一类是传染性疾病，包括梅毒、疟疾、黄热病等；第二类是血管系统疾病，如动脉硬化；第三类是中毒，如水银、金鸡纳、白色颜料等引起的中毒；第四类是炎症和免疫系统疾病，除了风湿和脑膜炎之外，还有两种综合征榜上有名，柯根综合征（Cogan syndrome，即耳蜗前庭综合征）和苏萨克氏综合征（Susacʼs syndrome）。后者是极其罕见的一种病症，近年来出现了艺术工作者患有此病的新案例，也引起了医生们的兴趣。马德里生物医学研究所的医生卡斯特洛（C. Guijarro-Castro）在二〇一三年发表的论文中指出，根据戈雅与朋友的通信中所描述的行为习惯和病程行进状况，戈雅最有可能患上的正是苏萨克氏综合征——一种视网膜耳蜗脑血管病变的自身免疫系统疾病，患者常伴有剧烈头痛、畏光、视力和听力的平行受损等症状。但这一结论尚未获得公认。

传记作家喜欢将戈雅的绘画生涯分成两个时间段，以他得病丧失听力为界，第一阶段似乎满是喜悦与光明，第二阶段则只剩恐惧和鬼魅。那么耳聋是否对戈雅的绘画风格产生了影响？一部分学者认为没有太大影响，或者说耳聋并不是完全扭转戈雅绘画风格的分界线。在戈雅耳聋之前的作品里，也有噩梦的形式、悲剧的元素和黑暗的曲调。一直以来，拒斥“美”是西班牙文化的一种特征。从西方美学史上看，美的概念总是与形式相关，将美定义为一系列必须遵守的模型，古希腊罗马的雕塑便是其中典型。西班牙的艺术家们则从“负面的价值”中得到审美的愉悦，他们认为美并不是艺术的全部，对理想“美”的追逐会远离真实，使所描绘的对象失去鲜明个性而僵化成粗浅、平凡和陈腐的代表。

文艺复兴时期很少有西班牙画家去意大利旅行或学习，可是到了戈雅的时代则出现了变化。一九九三年十月，普拉多博物馆购入了戈雅的意大利素描本（又称“意大利笔记本”），原本以为这本笔记本已消亡在柏林的战事里，它的再发现满足了公众和学界对戈雅的好奇心。一七七一年，戈雅在意大利购买了这本笔记本。对当时的画家来说，能拥有一本制作精良、纸张优异的意大利产素描本是一种时髦。普拉多博物馆认为，戈雅的意大利笔记本属于“艺术家笔记本”的范畴，是解密艺术家的创造性的关键词。从中可以看到他是如何绘画和构思的，他对意大利印象如何，他主要关心的问题是什么。戈雅声称他到过的城市可以列很长的清单，手写的笔记记录了那些意大利城市的名字，除了罗马、威尼斯和佛罗伦萨等艺术重镇，他在热那亚、博洛尼亚、帕尔马等地都逗留过，也曾经过都灵、米兰等重要中心。他从罗马的雕塑中学习人体解剖和完美造型，受古典绘画的启发读懂衣物在呈现美时的多样性，以及揣摩人物表情和面孔所承载的信息。笔记本中保留了戈雅最早的一批画作，包括他从意大利返回西班牙后不久所作绘画的草稿和一些准备工作。笔记本里的一些素描，后来还出现在了他著名的版画集《狂想曲》(Los Caprichos,也称《奇想集》)里。

这本笔记本记录的时间并不止于戈雅在意大利的时光。回到西班牙后戈雅继续使用这本笔记本，里面还记录有一七七六年前后戈雅写给门格斯（Anton Raphael Mengs）的信件。十八世纪的西班牙艺术受到来自欧洲主流艺术的影响，卡洛斯三世国王引入德意志画家门格斯作为宫廷画师。门格斯在西班牙创作了大量作品，培养了一批年轻艺术家。戈雅的妻兄巴约正是门格斯的学生之一。他们的肖像画特征是将所绘者穿戴的服饰、背景里昂贵的家具布置一同凸显，烘托出所绘者的贵族气质。巴约被当时的同行们认为是西班牙最好的画家。戈雅年少时曾跟随巴约学画。一七六三年，在门格斯的召唤下，巴约参与王宫的装潢，并开始担任门格斯的助手，戈雅随巴约一起去了马德里，也在门格斯的门下学习。一直以来，巴约都是门格斯忠实的追随者，从圣巴巴拉皇家挂毯厂到费尔南多皇家美术学院，依靠门格斯的引荐和自身实力，巴约成了重要的管理者。一七七七年门格斯去罗马之后，巴约更是理所当然地在各项职务上成为他的继任者。不可否认的是，戈雅与巴约的关系很像巴约与门格斯的关系，一七七三年七月，戈雅和何塞芙结为夫妇，两人的关系升格为家人。不过，两人在绘画才能上的竞争和绘画理念上的差别使得彼此之间的关系相当微妙。作为兄长和上级，巴约总是对戈雅进行着种种设计和安排。戈雅从意大利返回西班牙后，获得的第一份固定工作——圣巴巴拉皇家挂毯厂的图稿设计师——也是来自巴约的举荐。一七七六年，巴约参与并监管家乡皮拉尔大教堂的穹顶湿壁画绘制工程，戈雅也被安排了一些任务。皮拉尔大教堂是萨拉戈萨的标志，直译为柱子教堂，据说在西班牙内战时期，有三颗炮弹投在了教堂屋顶，却都没有爆炸，其中两颗仍悬挂在教堂的柱子上。戈雅被指派为教堂的殉教者玛利亚穹顶（Cupola Regina Martyrum）绘制湿壁画。一七八一年教堂理事会拒绝接收他的画作，理由是戈雅在人物绘制上出现了错误，以及画作整体框架过于暗淡。他们要求巴约出面“监管”戈雅，并为他担保，却遭到了巴约的拒绝。为此戈雅和巴约之间闹翻，并造成了此后长年的隔阂，原本巴约答应他的一些工作承诺也化为白纸一张。事实上，戈雅对门格斯的绘画风格从未予以肯定，尽管他十分享受门格斯的名声带给他的间接好处。戈雅的肖像画背景通常很暗，在描绘人物穿着的同时更着力于人物的微表情，哪怕是抽搐的脸部肌肉，微微张开的嘴角，或入神或暧昧或不知所思的瞳孔。这些都与门格斯的肖像画绘制风格截然不同。戈雅只承认自己有三位老师：委拉斯开兹、伦勃朗和大自然。在今日的皮拉尔大教堂，戈雅于一七七二年完成的位于圣母小礼拜堂前的穹顶壁画赫然在目，成为游客们争相观赏的内容。据教堂介绍，这是戈雅从意大利学成归来时在萨拉戈萨完成的第一幅重要作品。教堂主建筑所在地的萨拉戈萨皮拉尔广场上有一座戈雅的雕像，身后是他的博物馆和礼品商店。

相比于淡化耳聋对戈雅绘画风格的影响，人们似乎更热衷于断定这一人生突发事件是戈雅艺术生涯的转折点。西班牙艺术史学家拉恩福特将戈雅的失聪定义为其艺术创作的有利因素，假如他没有在一七九二年遭遇这一个人健康方面的重大危机，假如耳聋没有把他从欢愉的世界中拽出来，他是不会找到自己的。失聪后的戈雅听不见周围的嘈杂，也不用再去听那些会使他陷于诱惑的声音。他被迫与世隔绝，面对自己。疾病无法治愈的苦楚或者对治愈疾病的期望改变了他的内心世界，目睹他眼前那个躁动不安的世界，他捕捉到了那些还没有被表达出来的时代焦虑和需求，并且直面它们。一直以来，艺术家都不是被动地解释他的时代的人。戈雅的疾病催促他更加尖利、敏锐地贴近生活，把自己看到的和感受到的画下来，而且越快越好，因为他觉得死亡正在临近。不容否定的事实是，耳聋之后的戈雅迎来了职业生涯的巅峰。一七九四年三月，戈雅写信给好友萨帕特尔说：“我焦虑不安，自己都无法忍受，我努力使自己冷静下来，去拿笔给你写信，可提起笔我发现自己已经累了。”但是戈雅并没有放弃，一个月之后，他回到马德里，这时他已完全失去听力。十八世纪，耳聋会令人遭遇社会隔离。一七九四年三月时，皇家挂毯厂的负责人就在四处散播流言，说戈雅已经丧失了绘画能力。戈雅知道声望对画家来说比财富和权力更宝贵。为了维持自己的声望，当戈雅能行走时，便竭尽所能要让马德里艺术圈里的人知道他作为画家的技能并没有丧失。戈雅写信给皇家美术学院的院长波尔那多（Bernardo de Iriarte），表示自己愿意承担更多的绘画订单，甚至包括那些尺寸很小并不带有很大装饰性意义的画作。

一八一九年至一八二〇年期间，戈雅再次重病。当时他已经搬到马德里郊外的“聋人之居”（Quinta del Sordo），这并不是戈雅给这个住处起的名字，而是同为聋者的前任居住者所为。当时陪伴戈雅左右的佐利娅（Leocadia Zorrilla）是他儿媳妇的表妹，她十七岁时（1805）与戈雅相遇。一八一二年，戈雅的妻子何塞芙去世，三年后佐利娅和她的两个孩子便住进了画家家里照顾他并为他处理家务。虽然戈雅的朋友们认为佐利娅就是戈雅的伴侣并为他生下了女儿，普拉多博物馆则没有官方说法。这一时期，被病魔缠身的戈雅在“聋人之居”里创作了大量的黑暗系列画作。对于这次重病的原因，学界仍无定论，但倾向于认为是黄热病。一八二〇年，戈雅创作了《与阿雷塔医生的自画像》（Self-portrait with Dr. Arrieta），画作中的戈雅坐在床上，因为疾病而显得相当虚弱，满脸痛苦与疲惫。他抓着被套，向后倾倒的身躯被阿雷塔医生的手臂支撑着。医生右手托起一杯水，暗示帮助他服药。这一时段，黄热病在西班牙大爆发，戈雅的医生阿雷塔恰是这方面的专家，他还在一八二〇年前往北非研究疫情，似乎也成为戈雅染有此病的侧面证据。这幅画的创作是为了表达对阿雷塔医生的感谢，生动地呈现了医患之间的密切关系，这类主题在艺术家的创作中并不多见。躺在阿雷塔怀里的戈雅对医生充满了信任，这也是他第一次以尊重和满怀感激之情来描绘医者。在戈雅的《狂想曲》版画集中，医生有的被描绘成驴的形象，意指蠢笨和平庸，有的则被描绘成巫师的形象，意味着迷信和妖术。 

在阿雷塔医生的精心照顾下，戈雅的生命得到了延长。一八二四年，戈雅在波尔多去世，对于他的死因，又有各种致病说，膀胱疾病、会阴肿瘤、骨癌、中风等。对于戈雅所患的疾病至今无法定论，他不可避免地患上了他所处时代那些普遍的疾病，也得了一些特别的疾病。据说他的尸骨遗失，遗物在一九〇一年被运回马德里，安葬于圣母百花教堂，而那里穹顶的湿壁画正是他绘制的。

戈雅的画作也展现了与疾病相关的内容。戈雅的《狂想曲》是了解十八世纪晚期的一扇窗，是他对当时的罪恶、迷信以及所处时代的鞭笞。一七九八年完成，一七九九年开始售卖，但两天之后，宗教裁判所便禁止了画册的流通，一千四百份印刷品是在画家去世后才发行的。《狂想曲》中有一幅名为《齿猎》（A caza de dientes，1798）的画作，描绘一名女子在晚间偷一具被绞死的尸体上的牙齿。在当时有一种迷信的说法，横死的人的牙齿可以治疗牙科疾病，而这幅画所揭示的社会现象便是牙齿贩卖的盛行。十八世纪末十九世纪初，有钱而缺牙的人愿意出高价获得坚固完好的假牙，从死者身上取下牙齿装到活人口中是一门好生意。在当时的欧洲，每一场大型战役后都有一大堆等着猎牙的人，与其从病人和坟墓中的死人身上获取替代牙，不如用死于炮火的健壮青年身上的牙齿。战争帮助填补了供应的短缺。后来的拿破仑战争到滑铁卢战役，都有规模空前的猎牙者跟在军队后面。滑铁卢战场供应的牙齿数量巨大，甚至被运送到了欧洲以外，这种假牙也被冠名为“滑铁卢牙”。

医学史家们认为戈雅的绘画可以被用作医学授课的演示材料。画作《托美思的小拉撒洛》（Lazarillo de Tormes,1819）描述的是西班牙名著《小癞子》第一章中的场景。小癞子偷吃了香肠，并用一块烂萝卜冒充，想要欺骗盲人乞丐，不料盲人掰开他的嘴，将长鼻子伸进去闻。这幅画所展现的画面和医生用手刮出白喉伪膜的方式一模一样，因此经常被医生用来示教。白喉是由白喉棒状杆菌引起的上呼吸道感染，因在咽部鼻喉部迅速产生灰白色的伪膜而得名，肿胀的伪膜可引起气道梗阻而窒息死亡。在没有抗生素的时代，这种疾病曾在欧洲广泛流行。对于新生儿来说，是一种具有相当隐蔽性的疾病，如果没有及时通过喉部检查发现，则很容易丧命。马勒、德彪西以及马克·吐温的孩子都因患白喉而去世。

戈雅虽然疾病缠身，可他却是长寿的。在《狂想曲》系列中那一幅著名的画作《理性沉睡，梦魇浮现》里，睡梦人的身后是猫头鹰、蝙蝠、长着山羊头的罪恶的飞行生物。这是一幅充满争议的绘画，戈雅用一些怪诞恐怖的符号作为他的艺术语言。梦魇中的形象可以视作是我们的各种欲望，也可以理解为戈雅身上挥之不去的疾病。