12月31日上午，内蒙古自治区高级人民法院官方微博公布消息说，内蒙古自治区高级人民法院于12月30日依法作出国家赔偿决定，决定支付呼格吉勒图父母李三仁、尚爱云国家赔偿金共计2059621.40元。该决定于12月31日送达。李三仁、尚爱云曾于2014年12月25日向内蒙古高院提出了国家赔偿申请，内蒙古高院于同日立案。

内蒙古高院官方微博还公布了国家赔偿项目及金额明细，具体为：一、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付死亡赔偿金、丧葬费共计1047580元；二、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付呼格吉勒图生前被羁押60日的限制人身自由赔偿金12041.40元；三、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付精神损害抚慰金100万元。以上各项合计2059621.40元。

此外，内蒙古高院官方微博也解释了精神损害抚慰金是如何确定的，为何支付呼格吉勒图生前被羁押期间的限制人身自由赔偿金和赔偿决定为何没有包括死者父母的生活费。

在解释精神损害抚慰金时，内蒙古高院特别解释了为何呼格案的精神损害抚慰金赔偿数额超过死亡赔偿金和限制人身自由赔偿金总额的35%。内蒙古高院解释称，援引《国家赔偿法》第十七条（三）项“依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的”为依据提起的，而呼案所涉及的被执行刑罚是最为严厉的死刑，这对呼格吉勒图亲属所造成的精神损害后果无疑是极其严重的。因此，内蒙古高院决定支付精神损害抚慰金100万元，这个数额是综合考虑到此案的特殊性和国家赔偿所蕴含的救济损害和抚慰创伤的功能，按照符合法律规定精神、符合公平正义的要求予以协商和决定的。

在解释为何没有包括死者父母的生活费时，内蒙古高院称，此案中呼格的父母退休后均有退休金，且高于呼和浩特市最低生活保障标准。因此，结合《国家赔偿法》第三十四条第二款规定的条件和最高人民法院（1999）赔他字第17号和（2006）赔他字第4号两个个案答复精神，其向呼格吉勒图父母释明了生活费支付的前提条件应当是无劳动能力且生活来源低于当地最低生活保障标准或者无其他生活来源。呼格的父母对此表示理解和同意，因此赔偿协议和决定书中没有此项内容。

呼格吉勒图的父亲李三仁接受界面新闻采访时说：“具体赔偿金是多少只是一个数字，结果是按照法律算下来的，我们接受这个结果。”

根据12月15日内蒙古自治区高级人民法院网站的消息，内蒙古自治区高级人民法院对呼格吉勒图故意杀人、流氓罪一案作出再审判决，决定撤销内蒙古高院（1996）内刑终字第199号刑事裁定和呼和浩特市中级人民法院（1996）呼刑初字第37号刑事判决，并宣告原审被告人呼格吉勒图无罪。

内蒙古高院上述官方网站通报的消息称，呼和浩特市人民检察院曾指控被告人呼格吉勒图犯故意杀人罪、流氓罪，呼和浩特市中级人民法院于1996年5月17日作出刑事判决，认定呼格吉勒图犯故意杀人罪，判处死刑，剥夺政治权利终身；犯流氓罪，判处有期徒刑五年，决定执行死刑，剥夺政治权利终身。

宣判后，呼格吉勒图以没有杀人动机、请求从轻处理等为由，提出上诉。内蒙古自治区高级人民法院于1996年6月5日作出（1996）内刑终字第199号刑事裁定，驳回上诉，维持原判，并根据当时有关死刑案件核准程序的规定，核准以故意杀人罪判处呼格吉勒图死刑，剥夺政治权利终身。1996年6月10日呼格吉勒图被执行死刑。

此后18年终，呼格吉勒图的父亲李三仁、母亲尚爱云不断提出申诉。内蒙古自治区高级人民法院于2014年11月19日作出（2014）内刑监字第00094号再审决定，对本案进行再审。

经审理，内蒙古自治区高级人民法院认为，原审认定呼格吉勒图犯故意杀人罪、流氓罪的事实不清，证据不足，对申诉人的请求予以支持，对辩护人的辩护意见和检察机关的意见予以采纳，判决呼格吉勒图无罪。